無特異性抗體對照時出現背景過高與蛋白A 或G 非特異性結合應采用預清除處理，即在加入抗體前，將裂解的樣本與磁珠混合1小時然后分離使用。

染色質免疫共沉淀是一種強力的手段，來聯系蛋白質或其修飾位點與基因組的關系。染色質分離并用特異性抗體判斷是否與特異性DNA 序列相結合。染色質免疫沉淀法亦可用來檢測目的位點在基因組中的時空分布（用芯片或DNA 測序）。本操作規程詳細闡述了交聯染色質免疫沉淀(X-ChIP) 實驗的具體步驟。

離心后立即去除上清。沉淀中留有不溶性蛋白質，如果再次有懸浮發生，再次離心。

此方法涉及抗IgM 抗體的IgG 耦聯蛋白A 或G 珠子（方法見下文）。這些珠子就可以在常規免疫共沉淀程序中使用IgM 抗體。通過結合抗-IgM 抗體，IgM 可以間接結合珠子。

為了使洗脫蛋白較少污染抗體，也為了更純凈蛋白質的制備和干凈的免疫印跡實驗，推薦將抗體與珠子交聯。下面是一個實驗程序舉例（幾個網站有關于這個程序有很多信息）。目標蛋白應該用溫和的洗脫液洗脫，如甘氨酸緩沖液。

為了使洗脫蛋白較少污染抗體，也為了更純凈蛋白質的制備和干凈的免疫印跡實驗，推薦將抗體與珠子交聯。下面是一個實驗程序舉例（幾個網站有關于這個程序有很多信息）。目標蛋白應該用溫和的洗脫液洗脫，如甘氨酸緩沖液。更詳細的緩沖液配方可在緩沖液章節找到，第71頁。

裂解物預清除可以幫助減少蛋白質非特異性結合到agarose (瓊脂糖)或Sepharose beads (凝膠瓊脂糖珠)。用無關抗體或血清預清除，可去除蛋白質與免疫球蛋白的非特異結合。最終實驗結果背景降低并且信噪比提高。但是，如果最后蛋白質是由免疫印跡實驗檢測，預清除未必必要，除非是污染蛋白質對目的蛋白質產生明顯干擾。

免疫沉淀是一種純化蛋白質的方法。將我們感興趣的一種蛋白質的抗體與細胞提取液孵育，以使抗體和蛋白質在溶液中結合。然后用蛋白A/G 耦合的瓊脂糖凝膠，從樣品中將抗體/抗原復合物提取出來。這種物理方法可將所需蛋白質從樣品中分離出來。然后樣品可以通過SDS-PAGE 分離出來進行Western blot 分析。

直接免疫熒光染色時，細胞與直接偶聯有熒光染料（如 FITC 標記）的抗體孵育。這種方法的優點在于只需要一步抗體孵育，從而排除了二 抗非特異性結合的可能性。這對細胞內染色特別有用，因為包含二抗的大抗體熒光復合物有可能被困住，造成非特異性結合甚或無法進入細胞，而使一抗檢測不到。

用于對靶蛋白進行檢測/染色的熒光染料被相應激發波長的激光激發時將發出光線。那些被熒光標記了的顆?；蚣毎?，可以個別檢測和分析。

懸浮緩沖液中被染色細胞樣品通過流式細胞儀時，由于鞘液的作用，細胞被限制在液流的軸線上，從而能通過一個非常小的噴嘴。這種微小 的“流液束”使細胞一個接一個地通過激光。

ELISA 疑難解答包括：陰性對照出現陽性結果問題以及實驗步驟操作路程會遇到的問題。