飛行時間質譜(MALDI-TOF)法SNP分析(PCR)，就選TERMIPol DNA聚合酶

 

        單核苷酸多態性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNP）主要指基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性，是人類可遺傳的變異中最常見的一種。SNP在人類基因組中廣泛存在，平均每500~1000個堿基對中就有1個，估計其總數可達300萬個甚至更多。SNP在CG序列上出現最為頻繁，而且多是C→T。

 

      遺傳疾病診斷、致病候選基因研究、藥物篩選研究、分子標記輔助育種、群體遺傳研究等領域都會涉及到SNP分型分析。

 

       SNP基因分型的常見方法有：

 

       Taqman 探針法、SNaPshot法、飛行時間質譜（MALDI-TOF MS）分型、HRM（高分辨率熔解曲線）分型等技術平臺。其中，基于時間飛行質譜（MALDI-TOF）完成的SNP檢測準確率可達99.9%，除了準確性高、靈活性強、通量大、檢測周期短等優勢外，最有吸引力的應該還是它的性價比。飛行時間質譜平臺（MALDI-TOF）是國際通用的基因單核苷酸多態性（SNP）的研究平臺，該方法憑借其科學性和準確性已經成為該領域的新標準。

 

       為此，我們推薦使用Solis BioDyne，增強摻入非常規核苷酸效率的TERMIPol ® DNA聚合酶，適合用于MALDI-TOF質譜法和其他引物延伸平臺：

 

       * 如上TERMIPol DNA聚合酶產品均已通過了Bruker與 Agena BioScience平臺的驗證

 

       以Agena 平臺為例：《MassARRA系統》

 

       原理：首先通過PCR擴增出含有SNP位點的一段DNA（SNP位點前后各50bp左右），然后用SAP酶去除掉PCR 體系中剩余的脫氧核糖核苷三磷酸（dNTP）和引物，然后加入一單堿基延伸引物，其3’末端堿基緊挨SNP位點，采用四種ddNTP替代dNTP。這樣，探針在SNP位點處僅延伸一個堿基，連接上的ddNTP與SNP位點的等位基因對應。用基質輔助激光解析電離飛行時間質譜(MALDI-TOF MS) 檢測延伸產物與未延伸引物間的分子量差異，確定該點處堿基。

 

       實驗流程如下：

       1、 PCR擴增含有目的SNP 的DNA序列，并通過純化去除未結合的dNTPs

       2、 iPLEX單堿基延伸：純化后的PCR產物，針對每個靶點SNP設計一條延伸引物，在以ddNTPs為底物的體系中進行單堿基延伸，每個SNP的等位基因延伸產物僅為末端一個堿基的差異。

       3、 純化，并將產物轉移到SpectroCHIP芯片上，進行質譜檢測，同一個SNP的等位基因由于分子量不同，形成不同的檢測峰而被區分。  

 

 

Solis BioDyne的TERMIPol® DNA Polymerase將會用于上圖中的單核苷酸延伸中

 

       已發表文章：  

       【1】Bormann, Felix Georg et al. “Epigenetic regulation of Amphiregulin and Epiregulin in colorectal cancer.” International journal of cancer 144 3 (2019): 569-581 .

       【2】Wilcke, Arndt et al. “The role of gene DCDC2 in German dyslexics.” Annals of dyslexia59 1 (2009): 1-11 .

       【3】Ikryannikova, L N et al. “A MALDI TOF MS-based minisequencing method for rapid detection of TEM-type extended-spectrum beta-lactamases in clinical strains of Enterobacteriaceae.” Journal of microbiological methods 75 3 (2008): 385-91 . 【4】Sauer, Sascha et al. “Single-nucleotide polymorphisms: analysis by mass spectrometry.” Nature Protocols 1 (2006): 1761-1771.

 

       除了上述的高端的分子診斷神器，Solis BioDyne為客戶提供終點PCR（end-point PCR），qPCR（real-time PCR），反轉錄PCR（Reverse transcription），以及其它PCR所需的配套試劑。產品線縱覽圖如下：  

 

 

       Solis BioDyne來源于歐盟-愛沙尼亞共和國，自1995年以來，Solis BioDyne一直致力于開發和生產高品質的生命科學試劑，現已成為當今歐洲領先的試劑供應商之一。高標準的生產標準和服務使Solis BioDyne成為全球值得信賴的首選PCR供應商。我們的DNA聚合酶，PCR Master Mixes，qPCR Mixes和其它試劑被全球110多個國家的研究者所使用，包括頂級研究機構和生物技術公司。

 

       Solis BioDyne擁有獨家的蛋白質穩定技術專利，確保其PCR酶與PCR Mixes產品具有極高的穩定性，研究者可以常溫運輸以及常溫下配置PCR反應體系（無需冰盒）。即使是室溫放置30天，其酶活性也沒有損耗。   作為Solis BioDyne在中國的區域總代理，艾美捷科技有限公司將為中國客戶提供最全面的Solis BioDyne產品以及訂制服務。  

 

 

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        前情提示：

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